学校下辖多个校区，武汉市硚口区为校本部，是主要的教学训练和科研场所；武汉市江夏区藏龙岛校区,是科研试验场所；武汉市黄陂区木兰湖校区，是军事基础训练、海军职业素养培养和部分科研试验场所；湖北省红安县革命传统教育基地，是主要的革命传统教育和野外综合训练场地。学校坚持以本科教育与研究生教育为主体，学历教育与任职培训相结合。海军工程大学创办于1949年11月，1963年被确定为全国重点大学。
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